„Smeltės“ progimnazijoje veikia šios savivaldos institucijos:
Progimnazijoje veikia šios komisijos ir darbo grupės:
- Mokyklos taryba;
- Mokytojų taryba;
- Mokinių taryba;
- Metodinė taryba.
- Mokytojų atestacijos komisija;
- Vaiko gerovės komisija;
- Paramos skirstymo komisija.
